Vers un progrès génétique collectif
Souvent promotionné comme étant un outil d’aide à la décision pour les éleveurs, le génotypage est aussi un outil racial pour améliorer la population et garantir sa diversité. Génotyper, c’est aussi participer au collectif pour vous fournir demain des index de qualité plus précis via l’accroissement de la population de référence.
Qu’est ce qu’une population de référence ?
Pour pouvoir évaluer génétiquement les animaux d’une race, il faut constituer une population de référence représentative de l’ensemble de la population pour cette race. De là, pour être pris en compte dans la population de référence d’un caractère, un animal doit avoir un génotypage et un index sur performance pour le caractère. Cela peut être des femelles avec des performances propres ou des taureaux qui ont des filles avec des performance (= indexés sur performances de leurs filles). Il peut y avoir autant de population de référence que de caractère indexés !
En revanche, ne font pas partis de la population de référence :
- Les jeunes taureaux génotypés (ils n’ont pas encore de performances connues)
- Les génisses génotypées mais sans performance (celle qui n’ont pas encore vêlées)
- Les taureaux non génotypés, quel que soit le nombre de filles et peu importe si elles sont typées ou non
Par ailleurs, un animal avec seulement un typage reste éventuellement un candidat pour rentrer dabs la population de référence, même s’il est âgé.
En race Abondance, on recense aujourd’hui 6825 femelles et 494 mâles et en race Tarine, nous avons 405 mâles et 3703 femelles, faisant partie de la population de référence.
A quoi va servir la population de référence ?
La population de référence va permettre de faire le lien entre génotype et performances, par le biais d’équations de prédiction.
Tout d’abord, une évaluation polygénique uniquement sur les animaux avec des performances doit être effectuée, pour ainsi avoir les performances corrigées de l’effet milieu des animaux.
Puis, des relations statistiques sont établies entre ces index issus des évaluations polygéniques et les résultats de génotypage entre ces performances issues de l’indexation polygénique et les résultats de génotypage. Une fois que les formules de prédiction sont établies et vérifiées, il est alors possible de les utiliser pour estimer les différents index génomiques d’un jeune animal à partir de son génotypage : c’est l’indexation génomique.
De plus, il faut que cette population de référence ait une taille suffisamment importante et représentative de la race, qu’elle soit diversifiée et qu’elle soit alimentée régulièrement pour que l’équation de prédiction, et donc l’évaluation génomique, soit fiable, précise et efficace.
Comment connaître les performances d’un animal ?
Pour connaître les performances des animaux, il faux évaluer leurs propres performances ou celles de leurs descendants grâce au contrôle laitier lactation) et au pointage (morphologie). L’éleveur également a une grande importance dans la remontée des performances de ses femelles car toutes les déclarations faites comme les mammites, la vitesse de traite sont des données utilisées pour indexer les mammites et la vitesse de trait (STMA).
Le génotype est quant à lui connu grâce à un prélèvement de cartilage ou de sang (service génotypage). Envoyé en laboratoire, l’échantillon sera analysé pour connaître les marqueurs et les gènes de cet individu.
Autrement dit, plus il y a d’individus dans la population de référence, plus la précision des valeurs génomiques estimées est élevée
La précision de l’index est mesurée par le CD qui est le coefficient de détermination. Si ce dernier se rapproche de 100, alors on obtient ce qu’on appelle la valeur génétique vraie.
Plus nous avons d’informations sur les animaux, plus le CD augmente. Une femelle qui a une performance terminée (lactation, pointage) voit son CD augmenter. Pour les taureaux, c’est à travers les performances des filles.
Enfin la notion de population de référence est très importante puisque qu’elle nous permet principalement de recruter les futurs reproducteurs en estimant leur valeur génétique par le biais des résultats de génotypes. Aujourd’hui la population de référence nous permet d’estimer les jeunes animaux avec un CD de 50. Avec la progression du génotypage femelles qui augmente chaque année, nous pouvons espérer augmenter le CD lorsque ces femelles entreront en performances. Entre 2019 et 2021, 3000 femelles ont intégré la population et dans les prochaines années, le rythme devrait encore augmenter !
Quelles préconisations faut-il prendre en compte ?
Le rôle et la responsabilité des Organismes de sélection (=OS) et des entreprises de sélections (=ES) est de « viser un bon « entretien » de la population de référence ». Suite aux recommandations de l’institut de l’élevage et de GenEval, ce qui est important c’est « que tous les taureaux d’IA soient utilisés, dans des volumes homogènes et sur l’ensemble de la population femelles. Ainsi, ils auront tous de manière équilibrée et suffisante des filles et pourront enrichir la population de référence quand elles auront vêlées (GenEval, 2021).
Un travail de collaboration est effectué entre les OS, ES, techniciens et éleveurs lors de nombreuses commissions ? C’est au cours de celles-ci que le choix des jeunes taureaux par série est réalisé, notamment en se basant sur la variabilité génétique et leur niveau génétique.
C’est en travaillant de manière rigoureuse et régulière que les séries de jeunes taureaux à l’offre sont de plus en plus homogène. Aussi, aujourd’hui, de nombreuses femelles restent encore sans génotypage (voir sans pointage) et ne peuvent donc pas rentrer dans la population de référence.

Voici NUAGE,
Du GAEC DU PLATEAU DES CHALETS dans le 73, fille de JULIO. Elle a été génotypée en 2017, est entrée en lactation en juin 2020 et a été pointée en mars 2021. Cette femelle fait partie des 107 filles qui ont permis la confirmation du taureau JULIO à l’offre génétique, mais elle fait également partie des 6800 femelles qui enrichissent la population de référence.
Voici Nuageuse,
De chez ERIC CHABALIER, dans le 48, fille de JUST. Elle a été génotypée en 2018, est entrée en lactation 2020 et a été pointée en mars 2021. Cette femelle fait partie des 100 filles qui ont permis la confirmation du taureau JUST à l’offre génétique, mais elle fait également partie des 3700 femelles qui enrichissent la population de référence.

C’est pourquoi, pour promouvoir le génotypage, et ainsi fiabilise et préciser de plus en plus l’information génomique, l’OS RAR aide à hauteur de 20 € et CAP Tarentaise aide à hauteur de 15€ les génotypages chez les adhérents et AURIVA finance les génotypages complémentaires dans le cadre du schéma de sélection : 1 génotypage femelle subventionné par AURIVA si naissance d’un mâle issu d’une gestation ciblée par le technicien de race !
Alors pourquoi pas vous ?